Rund 20.000 Alltags- und Ritualgegenstände sowie Kunst außereuropäischer Kulturen bilden einen reichen Fundus für Sonderausstellungen und wissenschaftliche Forschung. Ziel ist dabei, Verständnis und Respekt für andere Weltregionen zu fördern und Interesse an der Vielfalt menschlicher Lebenswelten zu wecken. Regionale Schwerpunkte der Sammlung sind Ostasien und Amerika sowie die ehemaligen deutschen Kolonialgebiete in Neuguinea, Ost- und Westafrika. Zeitgenössische Kunstwerke indigener Völker, die im Spannungsfeld zwischen Tradition und Moderne entstehen, nehmen einen besonderen Platz ein. Die Sammlung Afrika besteht aus rund 3.500 Objekten des afrikanischen Kontinentes. Kostbarkeiten sind die Alltagsgegenstände der Schilluk, Dinka, und Bari. Sie wurden teils bereits vor 1876 von den Freiburger Brüdern Rosset im damals noch unerforschten Südsudan zusammengetragen. Andere Objekte stammen aus den früheren deutschen Kolonien (1885-1918) in Ost- und Südwestafrika. Angehörige der damaligen kaiserlichen "Schutztruppen", wie beispielsweise Karl Sauer, Wilhelm Winterer, Theodor Leutwein, Dr. Lübbert und Eugen Fischer gaben Alltags- und Ritualobjekte der Makonde, Ziba, Herero und San an das Museum. Von Kapitän Johannis Heldt erwarb das Museum 1899 schöne bis wunderliche Objekte aus Zentral- und Westafrika.